В центральной базе 1с торговля автоматически формируются все авансовые сч-ф. При загрузке данных из периферийной базы происходит их дублирование (всё, кроме подчиненных документов). Подскажите, может настройки где-то не верные? Или есть другие мысли на этот счет? Спасибо.

а зачем они у тебя в двух местах делаются? поставь переключатель на "только место создания"... и будут в каждой базе свои сч-ф :)