НовДок.Контрагент = Справочники.Контрагенты.НайтиПоРеквизиту("СтарыйКод",Строка(Лист.Cells(2, 3).Value));
//Пояснение: значение реквизита "старый код" я беру из соответствующего поля экселевского документа

НовДок.Контрагент = Справочники.Контрагенты.НайтиПоРеквизиту("СтарыйКод",Строка(Лист.Cells(2, 3).Value));
Струк = новый Структура("Наименование");                    //Структура нужна чтобы устроить отбор по реквизиту
Струк.Наименование = <наимДоговора>;
СпрДог = Справочники.ДоговорыКонтрагентов;
Выборка = СпрДог.Выбрать(,НовДок.Контрагент,Струк,); //Похоже это спец процедура для выбора из подчиненного справочника, по крайней мере в ней есть все что нужно
Если Выборка.Следующий() тогда                                   //предыдущий код возвращает значение с типом выборка
         НовДок.ДоговорКонтрагента = Выборка.ПолучитьОбъект();
конецесли;

НовДок.ДоговорКонтрагента = ......

// Получает договор контрагента по умолчанию с учетом условий отбора. Возвращается основной договор или единственный или пустая ссылка
//
// Параметры
//  ВладелецДоговора	–	<СправочникСсылка.Контрагенты> 
//							Контрагент, договор которого нужно получить
//  ОрганизацияДоговора	–	<СправочникСсылка.Организации> 
//							Организация, договор которой нужно получить
//  СписокВидовДоговора	–	<Массив> или <СписокЗначений>, состоящий из значений типа <ПеречислениеСсылка.ВидыДоговоровКонтрагентов> 
//							Нужные виды договора
//  СтруктураПараметров	–	<Структура>
//							Структура дополнительных параметров отбора договоров по реквизитам.
//							Элементы структуры СтруктураПараметров:
//							Ключ - имя реквизита договора, Значение - еще одна структура
//							
//							Элементы структуры, которая находится в Значение:
//							Ключ - "ЗначениеОтбора", Значение - значение реквизита договора для отбора. Обязательный элемент.
//							Ключ - "ВидСравненияОтбора", Значение - <ВидСравнения>. Необязательный элемент, по умолчанию ВидСравнения.Равно
//
// Возвращаемое значение:
//   <СправочникСсылка.ДоговорыКонтрагентов> – найденный счет или пустая ссылка
//
Функция УстановитьДоговорКонтрагента(ДоговорКонтрагента,ВладелецДоговора, ОрганизацияДоговора, СписокВидовДоговора=неопределено, СтруктураПараметров = Неопределено) Экспорт

	НовыйДоговор = Справочники.ДоговорыКонтрагентов.ПустаяСсылка();

	Запрос = Новый Запрос;
	ТекстЗапроса = 
	"ВЫБРАТЬ РАЗРЕШЕННЫЕ ПЕРВЫЕ 2
	|	ДоговорыКонтрагентов.Ссылка,
	|	ВЫБОР
	|		КОГДА СправочникВладелец.Ссылка ЕСТЬ НЕ NULL 
	|			ТОГДА 1
	|		ИНАЧЕ 2
	|	КОНЕЦ КАК Приоритет
	|ИЗ
	|	Справочник.ДоговорыКонтрагентов КАК ДоговорыКонтрагентов
	|		ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.Контрагенты КАК СправочникВладелец
	|		ПО ДоговорыКонтрагентов.Владелец = СправочникВладелец.Ссылка
	|			И ДоговорыКонтрагентов.Ссылка = СправочникВладелец.ОсновнойДоговорКонтрагента
	|ГДЕ
	|	&ТекстФильтра
	|
	|УПОРЯДОЧИТЬ ПО
	|	Приоритет";
	
	Запрос.УстановитьПараметр("ВладелецДоговора", ВладелецДоговора);
	Запрос.УстановитьПараметр("ОрганизацияДоговора", ОрганизацияДоговора);
	Запрос.УстановитьПараметр("СписокВидовДоговора", СписокВидовДоговора);
	
	ТекстФильтра = "
	|	ДоговорыКонтрагентов.Владелец = &ВладелецДоговора
	|	И ДоговорыКонтрагентов.Организация = &ОрганизацияДоговора
	|	И ДоговорыКонтрагентов.ПометкаУдаления = ЛОЖЬ"
	+?(СписокВидовДоговора<>неопределено,"
	|	И ДоговорыКонтрагентов.ВидДоговора В (&СписокВидовДоговора)","");
	
	Если ТипЗнч(СтруктураПараметров) = Тип("Структура") Тогда
		Для каждого Параметр Из СтруктураПараметров Цикл
			ИмяРеквизита = Параметр.Ключ;
			СтруктураОтбора = Параметр.Значение;
			ВидСравненияЗапроса = ПолучитьВидСравненияДляЗапроса(СтруктураОтбора);
			ТекстФильтра = ТекстФильтра + "
			|	И ДоговорыКонтрагентов." + ИмяРеквизита + " " + ВидСравненияЗапроса + " (&" + ИмяРеквизита + ")";
			Запрос.УстановитьПараметр(ИмяРеквизита, СтруктураОтбора.ЗначениеОтбора);
		КонецЦикла;
	КонецЕсли;
	
	ТекстЗапроса = СтрЗаменить(ТекстЗапроса, "&ТекстФильтра", ТекстФильтра);
	
	Запрос.Текст = ТекстЗапроса;
	Результат = Запрос.Выполнить();
	
	Если Не Результат.Пустой() Тогда
	
		Выборка = Результат.Выбрать();
		Выборка.Следующий();
		
		НайденОсновнойДоговор = Выборка.Приоритет = 1;
		НайденОдинДоговор     = Выборка.Количество() = 1;
		
		Если НайденОсновнойДоговор ИЛИ НайденОдинДоговор Тогда
			НовыйДоговор = Выборка.Ссылка;
		КонецЕсли;
	
	КонецЕсли;
	
	Если (ДоговорКонтрагента.Владелец<>ВладелецДоговора ИЛИ ДоговорКонтрагента.Организация<>ОрганизацияДоговора) ИЛИ (не ЗначениеЗаполнено(ДоговорКонтрагента)) Тогда	
		ДоговорКонтрагента = НовыйДоговор;
		Возврат Истина;
	Иначе
		Возврат Ложь;
	КонецЕсли;
	
КонецФункции // ПолучитьДоговорКонтрагента()

Выборка = Справочники.ДоговорыКонтрагентов.Выбрать(,Справочники.Контрагенты.НайтиПоРеквизиту("СтарыйКод",Строка(Лист.Cells(2, 3).Value)));   
  	Пока Выборка.Следующий() цикл
  		ОбъектВыборка = Выборка.ПолучитьОбъект();  
  		НовДок.ДоговорКонтрагента = ОбъектВыборка.Ссылка;
  	КонецЦикла;