При проведении документа появляется сообщение что нет требуемого остатка номенклатуры, хотя на самом деле он есть (в отчете это видно). В резерве его тоже нет. Пользователи утверждают, что данная ситуация возникла после обновления. Как можно исправить данную ошибку. Может следует запустить перепроведение документов??

ну обычно в таком случае я открываю консоль запросов и делаю запросы по к регистрам, как к записям, так и к остаткам.
+ выдираю запрос из проведения документа.

В принципе сразу видно что и как.

П.С. на всякий случай обратите внимание на даты. Обычно все дело в них.

А начать следовало бы с конфигурации...

конфигурация УТ 10.3
Вроде как типовая, по крайней мере явных отличий от типовой не наблюдается

давайте посмотрим на текст ошибки. может все намного проще...

Посмотри может серия номенклатуры не заполнена или характеристика. Посмотри в регистрах. В отчетах по умолчанию ее не видно.