По группировке "Контрагент" хочу чтоб итоги по рассчитываемым величинам выводились в шапке. Но сами величины (критерии задолженностей - текущая, просроченная оперативно и юридически) рассчитываются по сложному алгоритму для каждого значения увеличения долга до момента расчета по каждому договору (+ по каждому аналитическому срезу если есть). Итоги по рассчитываемым величинам по группировке "Договор" есть. Но в модуле к моменту когда я соберу итоги по договорам область группировки "контрагент" уже выведена. В принципе, я мог бы сначала все загрузить в таблицу значений по субгруппировкам и потом только выводить области в табличный документ, но отчет уже отладен и все рассчитывается правильно. Очень не хочется все переделывать. Потому есть ли возможность программно после циклов по субгруппировкам и собранным по ним итогам изменить уже выведенную секцию "Контрагент".

Я знаю, что проще всего было б вывести итоги подвалом по группировке, но тогда получается некрасиво и нечитабельно.

Сделайте через поиск и замена тогда, но это еще более извращенно :)
Либо перейдите на СКД и используйте свои функции

Если известен адрес ячейки, куда нужно вывести значение - можно. Например, в макете на ячейке, значение которой надо поменять, установить флаг "Содержит значение", оттипизировать и присваивать это самое значение этой самой ячейке тогда, когда оно становится известно.

Благодарю. Я уже переделал. Итерации запроса выгружаются в дерево, а потом из дерева заполняю форму.