Здраствуйте.
Подскажите пожалуйста как осуществить перенос остатков из одной базы в другую. Пробывал использовать встроенную обработку свертки базы, что то не очень....
Может есть какие то другие уже написанные средства?

Этот вопрос обсуждался много раз, используй поиск.
Чем свертка, кстати не устраивает? Сначала сворачиваешь, а потом то, что получилось переносишь через обрабоку.

Возможно я что то не так сделал, но с помощью стандартной обработки у меня документы не удалились. В журналах остались документы с датой меньше чем дата свертки

Не удалаются документы, на которые есть ссылки в документах Ввод остатков. Так и должно быть.
Кстати, перед сверткой рекомендую сделать восстановление последовательности.