Есть Бухгалтерия предприятия, редакция 1.6 (1.6.10.6). В ней штатными средствами настроен полный обмен, назначена главная, создана подчиненая, настроен FTP и вроде бы все работает. Один маленький ньюанс, нужно сделать так чтоб автообмен шел по расписанию(каждый день в час ночи).

Есть настройка обмена данными. В ней есть на закладке автообмен 2 части. Первая Переодический обмен данными,вторая настройки фоного обмена.
У обойх есть расписание обмена, у обойх есть пользователь от имени которого это выполняется. Хочется узнать что в каком случае работает и в чем разница между ними(желательно на примере).

Далее в константах, настройки программы, обмен данными есть еще одно что вводит дополнительную путаницу. Флажок автоматический обмен данными, опять же пользователь, и интервал. Это для чего?

И самое главное. Судя по всему, чтоб в файловом варианте делался автообмен, пользователь который указан в настройках автообмена должен находится в базе все это время. Это приводит к тому что всегда сожрана лицензия, оперативная память выделена на 1с, да плюс к тому окно всегда висит на панеле задач.

В командной строке нет подобных команд для выполнения обмена, через ком соединения не могу достучатся до ВыполнитьОбработкуЗаданий(). Есть ли какой выход из этой ситуации?

В документации описано, как использовать настройки обмена в файловой версии и написано, почему так.
Внимательно прочитайте.

О какой именно документации идет речь? Есть ли ее электронный вариант? Можно ссылочку если не сложно.

Она лежит в папке с конфигурацией