есть, две базы данных, где наименования одной и той же номенклатуры различны(наименования контрагентов тоже могут различаться), как выгружать из одной базы в другую документ реализация товаров и услуг? может кто сталкивался с такой проблемой?

Как обменеиваетесь-то? Если через Встроенную обработку "Обмен с идентичной конфигурацией" , то просто исправьте правила (привяжитесь к коду), а если через обмен данными, то там привязка идет к внутреннему идентификатору (вообще все равно какое наименование).

через обмен данными. что такое внутренний идентивфикатор, как его использовать в правилах обмена и будет ли он одинаковый у двух совершенно разных баз данных(они сами заводили номенклатуру/контрагентов а мы сами)?

В вашем случае это будут два разных контрагента/номенклатуры