Переносим данные из УПП 1.2.16.1 (доработанная) в типовую 1.2.19.1
Возник вопрос - можно ли автоматизировать перенос остатков по контрагентам, т.е. можно ли каким либо образом получить документ "Ввод начальных остатков по взаиморасчетам", чтобы не вводить все это вручную?

Можно

Вопрос в том, можно ли это сделать какими либо штатными средствами, не прибегая к написанию обработки.

Нет, откуда программа может знать, что вы там доработали, и какие остатки хотите получить...