После настройки автообмена примерно через каждую минуту 60сек. 1с начинает что то делать и виснет на 2-3 сек.???? при этом если было открыто меню документов ОНО ЗАКРЫВАЕТСЯ...(((

Режим работы базы, конфигурация, версия платформы, какой именно обмен? Телепатов тут нет.

Прочитайте это

Это обработчик ожидания проверки выполнения регламентных заданий.
Каждую минуту он проверяет, а не пришло ли время выполнить какое- нибудь задание.
Судя по симптомам, у вас файловая версия.
Создайте пользователя и пользователя ИБ с наименованием, к примеру, ВыполнятельРегламентныхЗаданий, дайте ему полные права, установите его значением константы "Пользователь для выполнения регламентных заданий", запустите под ним сеанс и забудьте про него.