Подскажите, как сделать, чтобы сами данные базы 1С хранились на флеш-карте и читались с неё. Надо, чтобы при отсутствии флешки открывалась пустая база. У нас 1С:Торговля и Склад редакция 9.2

Во-первых, база на флэшке это не самый лучший вариант. Считается что количество циклов чтение-запись для флэш-памяти невелико. Лучше использовать внешние HDD с USB-интерфейсом.
А чтобы после удаления этого диска открывалась пустая база, вставьте другой диск или флэшку, где по этому пути находится пустая база.