В отчете валовая прибыль не показывает себестоимость и соответственно валовая прибыль равна продажной стоимости. В чем может быть дело?

1. Себестоимость в УТ или УПП у тебя будет отображаться только при ведении партучета.
2. проводилось ли списание по партиям?

Значит при проведении продажных документов товар не распределился по партиям.
Причины могут быть разными, в зависимости...
Основная - не было партий на остатках :)

Пиши в аську, продиагностируем, тогда подскажу подробнее, что делать.