Для сотрудников, у которых есть дополнительные отпуска не формируется личная карточка (форма Т2), так как в выборку почему-то не попадает дата окончания дополнительного отпуска.

Скорее всего не верно заполняете док-т ОтпускаОрганизаций.

Заполняем верно, по инструкции, т.е. начало основного отпуска - по конец дополнительного, начало дополнительного, и выборке от этого пляшут, но результат NULL