В конфиге Раруса Альфа-Авто на форме справочника Номенклатура есть кнопка Колонки, с помощью которой редактируется видимость колонок в табличной части.
Проблема в том, что я могу отобразить или убрать только несколько первых колонок, а остальные никак не реагируют на галочки.
Мне сказали, что до того как базу перевили на SQL-ную версию все работало нормально, а сейчас не работает =(
Подскажите, пожалуйста, где хранятся настройки видимости колонок?

Вероятрее всего, в модуле формы справочника Номенклатура.

Поищи в модуле формы такие строки

СписокКолонок = СоздатьОбъект("СписокЗначений");
СписокКолонок.ДобавитьЗначение("Код", "Код");
СписокКолонок.ДобавитьЗначение("КодГруппы", "КодГруппы");
СписокКолонок.ДобавитьЗначение("ПолнНаименование", "Полн.наименование");