Здравствуйте у меня такая проблема:
если у пользователя NT права администратора то ветка в реестре сохраняется и соответственно сохраняется список баз, а если это обычный пользователь список пустой при следующем запуске.
Работаем терминально.
Подскажите пожалуйста где копать.

такое впечатление, что что-то перекрутили с безопасностью....
попробуйте добавить терминальных пользователей в группу Опытные пользователи.

дело в том что на прошлой системе win2003 server x32 права были такими же как сейчас, сейчас win2003 server x64 sp2 rc2

Проверь в реестре при входе с терминала список баз есть или нет
(HKEY_CURRENT_USER\Software\1C\1Cv7\7.7)
Если нет, зайди в 1С, пропиши базы запусти, см реестр, если их там нет следовательно
у юзера нет прав на изменения реестра (хотя чудно), если есть проверяем ситуациию с начала
если баз нет то скорей всего сервер воспринимает вход для пользователя как первый, но тогда он должен созавать рабочий стол и т.д. для каждого терминального пользователя, как вариант может их включить и в группу для локальных пользователей.
А вот если запись есть но 1с ее не видит то ....

когда базы добавляешь запись есть, но при следующем запуске 1с, даже не отключаясь от терминала запись принимает пустые значения т.е сама ветка реестра присутствует, но запись о базах пропадает

У меня на одном сервере, тоже такая тема, пока разбираюсь.
Если назначить права опытного пользователя, то все в норме.
Надо копаться, сверять, полномочия, пробовал реестр править из- под юзера, реестр правится, а список не сохряняется.

Как думаете может это быть связано с файлом ntuser.dat

Давайте изначальные вводные поподробнее - отмоделирую на виртуальном сервере в выходные.
Когда-то с этим сталкивался, но рещение уже не помню.

на прошлой системе win2003 server x32 права были такими же как сейчас, сейчас win2003 server x64 sp2 rc2, если у пользователя NT права администратора то ветка в реестре сохраняется и соответственно сохраняется список баз, а если это обычный пользователь список пустой при следующем запуске.
Когда базы добавляешь запись есть, но при следующем запуске 1с, даже не отключаясь от терминала запись принимает пустые значения т.е сама ветка реестра присутствует, но запись о базах пропадает