8.х 1С + SQL 2005 медленно работает

какой размер базы, сколько пользователей в базе, планы обслуживания?
ну и на всякий случай - там контроллер домена случайно не стоит?

Т.е. вы в данный момент работаете с 1С не по сети, а запускаете прямо на сервере?
1) настройте регламент для sql (http://kb.1c.ru/articleView.jsp?id=13, требуется пароль)
2) если на этом же сервере развернуть копию базы в файловую версию - скорость нормальная?

В экспрессе не знаю как, там просто sql команды для соответствующих процедур нельзя запустить? Вам просто надо их прогнать хотя бы один раз, посмотреть как повлияет на быстродействие.
Как вариант из под конфигуратора запустите ТиИ со всеми галками.

Есть возможность на этом же сервере поднять например postgre и посмотреть как ведет себя база там?

Так, кстати вопрос: чет не совсем понял, но если не ошибаюсь в express версии MS SQL 2005 было ограничение на обЪем базы 4 Гб, в 2008 express вроде планку подняли до 10Гб, а как у вас тогда на express версии база в 6Гб работает?

а сам sql server тоже express? он емнип больше 2Гб памяти не умеет употр######ть...
с планами обслуживания - всегда остается возможность попользовать sqlcmd и планировщик windows, хотя и не так удобно/приятно

если запускать под одним пользователем базу и не работать с ней, а сразу отчет делать - файловая с таким размером будет действительно быстрее.
отличия начнутся, когда с базой плотно будут работать несколько пользователей.

ну это обычная взаимная любовь 1с и серверов бд. связано с тем, что 1с все запросы посылает просто текстом, без использования механизмов серверов бд для оптимизации работы (view, хранимые процедуры и т.п.). сервер бд пытается закэшировать планы запросов, которые посылает 1с, в результате при очередном запросе получается из кэша неоптимальный план и пользователь имеет счастье. лечится dbcc freeproccache и почаще для профилактики. ну и паралеллизм запросов вырубить, ибо на oltp базах он - зло.