8.х ЗУП Исчисленный <> Удержанному

Это Вы где смотрите? По регистру НДФЛ расчеты с бюджетом?

А в настройках галочка "При начислении НДФЛ принимать исчисленный налог к учету как удержанный" в каком состоянии?

Документ "НДФЛ возврат налога" пробовали заполнять? Этот сотрудник появляется?

Нууу... В расчете НДФЛ-ки вообще много интересного. Особенно если пытаться сравнивать регистры НДФЛ расчеты с бюджетом и Расчеты налоговых агентов с бюджетом по НДФЛ. Со сторнировкой интересные моменты бывают.
Может быть в последних релизах в связи с выделением НДФЛ в отпускных и больничных что-то стронулось, поэтому проблема только в этом году появилась...

Попробуйте НДФЛ возврат налога провести и посмотреть что получится.

Т.е.. если я правильно понимаю, Вы анализ смотрели до того, как полный расчет по месяцу сделали?

И еще: вы в конце месяца НДФЛ перерассчитываете? Бывает полезно после того, как зарплата полностью начислена создать отдельный документ "Начисление зарплаты" только на расчет НДФЛ, заполнить его по всем сотрудникам и рассчитать. И еще,

Если вы всегда очень по порядку проводите документы, то может быть и незачем.
А если не исключены ситуации, когда после начисления зарплаты и расчета НДФЛ перерассчитали и перепровели какой-нибудь документ неявок или поменяли что-нибудь задним числом, то есть зачем: посмотреть не вылезет ли по кому-нибудь НДФЛ и своевременно его перерассчитать.

Я так понимаю с человека излишне удержали НДФЛ так? А возврат НДФЛ вы человеку делали? Документик такой есть