7.7 как удалить помеченный объект

После прохождения контроля ссылки отображаются во втором окне "ссылки на удаляемый объект"

Нет. Это не циклическая ссылка. Просто имя реквизита справочника НоменклатураЦены

Реквизит скорее всего периодический....

Очистить реквизит МестаХранения справочника НоменклатураЦены
З/Ы на вашем месте перед экспериментами я бы сделал резервную копию базы....

По поводу реквизита.. Столь сильными телепатическими способностями не обладаю. Какая у вас конфигурация?

Значит реквизит не отображается на форме для изменения.... Сами же сказали что конфа переписана "в хлам".
Или в конфигураторе добавить реквизит на форму для отображения (тогда можно очистить) или писать обработку которая это сделает автоматом.
Ваш МДшник в файлообменник, а сюда - ссылку

Это служебный справочник. В нем хранятся цены в разрезе складов. Редактирование реквизитов разработчик не предусмотрел. Поэтому вы ничего и не могли сделать.
Добавил возможность редактирования для того чтобы вы могли очистить нужный вам реквизит.
Ссылка на МДшник в личке. Объедините конфигурации и будет вам счастье.

З/Ы Интересное решение по продаже алкогольной продукции на базе бухгалтерии.
Смущает только реализация справки "Б". Сюда же можно отнести возвраты, перемещения... Короче пересорт по датам розлива неизбежен. В бухгалтерии же нет партионного учета.
Хотя свежесть партии больше касается пивников.
У вас же более крепкая продукция.