8.х Как защитить свой код от затирания при обновлении типовых конфигураций?

1. Стараться не доводить до такого. Есть внешние печатные формы, есть внешние обработки заполнения табличных частей, есть места где порой лучше убедить и немного изменить сам принцип работы сотрудников предприятия.(обосновав что потом это может выльется в копейку).
2. если уж дошло дело до доработок, то выносите свои доработки в отдельные функции,Заводите свои отдельные общие модули и там их прописываейте. Все свое объеденяйте в свою подсистему, что бы сравнение можно потом было делать по подсистемам.
3. Старайтесь меньше всего изменять реквизиты и сами объекты, лучше добавит, чем изменить -это касается и модулей.