8.х Конструктор запроса

Скорее всего, дело в том, что конструктор запроса Вы открыли из схемы компоновки данных.
Упорядочивание в СКД обычно настраивается не в запросе, а на уровне настроек СКД.
Если откроете конструктор запроса не в схеме компоновки данных, а в неком модуле, то галка будет.

Думаю, тогда произойдет упорядочивание по основному представлению для ссылки.
Основное представление настраивается в окне редактирования объекта на закладке "Данные". (чаще всего это "В виде наименования" ... т.е. упорядочивание в данном случае произойдет по наименованию).

Видимо, имеется в виду таблица, которая будет содержать результат запроса.

Попробуйте
Я вот не пробовал и не знаю )

Вот есть у Вас реквизит в документе, например "Контрагент". Заполняете Вы его выбором из соответствующего справочника "Контрагенты".
Выбрали контрагента, и что видите? Реквизит заполнен контрагентом, допустим "ООО Мир".
На самом деле реквизит заполнен ссылкой на элемент справочника. И выглядит эта ссылка примерно так: "5ba619cb-3851-4ced-94be-fa20c74ce297".
Но Вы видите именно наименование "ООО Мир", а не этот набор символов. Т.е. Вам эта ссылка представлена в виде наименования. Это и есть основное представление ссылки.
Можно настроить, чтобы эта ссылка представлялась Вам в виде кода.
Где это настраивается, я говорил.

О чем речь? О результате запроса?
Да, там могут быть итоговые записи и детальные.
Допустим, выводите данные по продажам товаров контрагентам:

-----------------------------------------------------------------------------------
ООО Мир - 50 000 р. (итоговая запись)

в т.ч.
Телевизор - 20 000 р. (детальная запись)
Диван - 30 000 р. (детальная запись)
-----------------------------------------------------------------------------------
Пример, может, и не очень, но думаю, суть ясна.

воспользуйтесь консолью запросов

в конфигураторе данных нет, потому самый простой способ - это консоль, а так в отладке можно еще увидеть