8.х ЗУП Начисление отпуска

Программа берет 2 рабочих периода, это нормально. Так бывает когда сотрудник отгулял, например, 14 дней отпуска, а в следующий раз берет 28 дней - половина за прошлый период, половина за текущий период.
Или может быть оказались остатки отпуска заведены в справочнике. Это надо смотреть на кадровом интерфейсе в невыходах пункт остатки отпусков - справка по отпуску.

Нууу... Я бы не сказала, что совсем нормально.
Во-первых на начало "периода наблюдения" у вас минусовый остаток по отпуску = -56 дней, т.е. сотрудник "перегулял" отпуска, на сегодняшнее число он у вас "перегулял" вообще 102 дня. Во-вторых, затраивание периодов по переносам - тоже не есть хорошо. Нормально эта справка должна выглядеть примерно так:
Посмотреть вложение 11941
Я бы вам посоветовала убрать все эти тройные переносы и занести по каждому сотруднику остатки недогулянных отпусков на дату, с которой начинаете работать в программе. Например, для моего скрина остатки были введены так:
Посмотреть вложение 11942

У нас 2000 и 7-ка была очень нестандартная, я обработку писала по переносу и потому кадры руками допроверяли недопроверенное. Можно же не сразу всех корерктировать, а проверять по мере ухода сотрудников в отпуск.

А регистраторы - какие документы? Переносы? Такое ощущение, что введено 2 переноса на одно событие...
В качестве предположения: Может быть в исходной базе были какие-то перерасчеты или продления и по ним сформировались двойные переносы на один и тот же отпуск?

Не, если у вас в регистр двойные записи записал именно документ "Отпуска организаций", то я вообще не понимаю как вы это смогли сделать, потому что при попытке проведения "Отпусков организаций" программа бы проругалась на пересечение периодов и не стала писать в регистр двойную запись.
Вот в переносе действительно могло оказаться и провестись 2 записи на один и тот же период. Но это неправильно. Не может быть в один и тот же период 2 отпуска.

И еще: Вы переносите только фактически отгулянные отпуска, причем только за то время, за которое они накопились в предыдущей программе и, насколько я поняла, не вводите остатки (?).
В таком случае 8-ка будет считать рабочий период для отпуска начиная от даты приема сотрудника и вычитать все перенесенные фактические отпуска. А если сотрудник работал ДО начала работы в старой программе? Часть факт. отпусков в таком случае у вас может пролететь.
Т.е. я бы еще раз рекомендовала все-таки ввести остатки, а не переносить фактические отпуска.

А это уже надо неявки смотреть и табель. Зуб не дам, в алгоритм не лазила, но, проверив на своей базе могу предположить, что программа вычитает из кол-ва дней месяца дни неявок и оставшиеся дни уже пересчитывает на 29.4.

Т.е. если у вас, например, сотрудник ушел в отпуск с 8.08.11, тогда с1 по 7 августа у него считается рабочий период и кол-во дней для среднего будет:
7 (с 1 по 7) / 31 (дней в августе) * 29,4 (дней по норме при расчете среднего) = 6,6387 = округленно 6,64. Как в аптеке.

А чтобы получилось 5,69, надо чтобы он ушел в отпуск с 07.08.11 и рабочий период у него составил бы 6 дней = с 1 по 6 августа. Причем неважно сколько дней из этого периода он отработал фактически, он мог все дни просидеть на внеплановых выходных или смена у него могла совпасть так, что все дни попадали на выходные. Поэтому по корешку вы ничего не рассчитаете. Смотрите неявки за август.

Странно, по идее получается в августе именно 6 дней. А если посмотреть по регистру расчета "Основные начисления" по датам начала и окончания, отпуск нормально везде прописан по 25.08 включительно? Сторнировок никаких нет? На 25.08 стоит нормальный ежегодный отпуск?

Т.е. доп. отпуск все-таки отдельной строкой. Похоже, по нему где-то что-то не так прописывается и расчет среднего его не видит.
В этом же регистре, правее, по основному и дополнительному отпуску все колонки однотипно заполнены? Там есть колонки "Период расчета ср. заработка" например, всякие нормы часов и пр.