8.х Непонятные минуса при проведении "Реализации ТиУ" на основании "Счета на оплату"

Возможно товар числится на складе совсем без качества, а Вы его списываете с качеством Новый.
Проверьте по отчету Ведомость по партиям с отбором по этой номенклатуре и с группировкой "Качество".

Тогда больше группировок в отчет добавьте: По складам, серии, характеристики (если используются), статус партии, заказ и т.д. и ищите, где косяк.

А то у Вас в отчете итого их плюс 131 штука, а документ ругается на минус 841

Именно с этим и связано... В последнем отчете видно, что приходовали товар в разрезе серий, а списывали без указания серий (отсюда и минус 875 в начале отчета).
ИМХО это может быть и из-за ввода реализаций на основании счета ( в счете серий нет, поэтому документ на его основании заполняется без указания серий, а вручную их никто в док не вводил).

А в чем состоит "невозможность проведения реализации на основании счета"?
У разных пользователей проводится по-разному на основании одного и того же счета?

Так все таки НЕ МОГУТ провести, или ПРОВОДИТСЯ ПО-РАЗНОМУ (например, у одних с ошибками списания партий, у других без ошибок при проведении реализации на основании одного и того же счета)?
Если НЕ МОГУТ, то какую ошибку выдает?

Смотрите внимательнее права (может полные права у старых стоят?) или в доп. правах ("Разрешать превышение товаров на складе").

Потому что по сути у Вас и старые и новые пользователи вводят документ реализации неправильно. Просто старые пользователи эти доки проводят (именно неправильно), а новым это сделать неправильно система не даёт.

Валовую прибыль по этой номенклатуре не смотрели? Там наверняка рентабельность 100% из-за того что партии правильно не списываются...