8.х ОБМЕН Объединение баз БП 2.0

Абсолютно одинаковые организации, все 1 в 1, а выгружается отдельной

И что надо сделать, чтобы все было хорошо?)

Подправь обработку и будет тебе счастье.

Легко сказать... Я обработки не разу не правил)

В КД когда создали правила или загрузили их, щелкаете по объекту в его настройках есть галочка "Искать объект приемника по внутреннему идентификатору объекта". Её надо отключить, для тех объектов которые могут задублироваться.