8.х ЗУП По странному двоит НДФЛ в начислении зарплаты.

Друзья, есть проблема.
Конфа "Зарплата и Кадры бюджетного учреждения". Версия самая свежая 1.0.95.1.
Почти типовая. В части НДФЛ точно никаких правок нет.
До обновления все было нормально.
Теперь ситуация такая, что при начислении зарплаты и НДФЛ в документе "Начисление зарплаты" по сотруднику на вкладке "НДФЛ! идут суммы с начала года:
01.01.2016 -100
31.01.2016 100
01.02.2016 -1200
28.02.2016 1200
и т.д.
в итоге все суммы схлопываются в ноль, если их сложить и сумма налога остается только за текущий месяц. До обновления такого не было. Перед этим стояла вроде бы 1.0.90.
Куда копать?

Это вряд ли связано с обновлением. Где-то некорректно введены даты расчета и выплаты зарплаты, например, если были межрасчетные выплаты.

Здесь можно было бы задать целый ряд вопросов:
- в каком состоянии флажок "принимать исчисленный налог как удержанный"?
- не поменяли ли его состояние перед обновлением?
- и т.д. и т.п.

Решению подобных проблем призвана новая обработка, предназначенная для улучшения результатов учета НДФЛ удержанного.
Инструмент предоставлен в пункте "Изменение порядка учета документов" меню "Налоги и взносы" (и появилась в релизе 1.0.93).

Попробуйте воспользоваться этим инструментом, но с предосторожностями типа резервное копирование ИБ.
Описание порядка работы с инструментом см. на ИТС по адресу: http://its.1c.ru/db/metbud81#content:6417:hdoc

Отзывы коллег об этой обработке самые неоднозначные, так что не обольщайтесь.
Сам не пробовал, мне помогло перепроведение, а может перезаполнение документа Начисление зарплаты, но у меня описанная Вами ситуация была по всем сотрудникам.