8.х Подсистемы в обычном приложении 1С 8.2

В обычном приложении подсистемы никак не влияют на пользовательский интерфейс.
Они используются для удобства работы в конфигураторе.
Например, в дереве конфигурации можно установить отбор по подсистемам (соответствующая кнопка), чтобы в дереве отображались только объекты, входящие в определенные подсистемы, а не все "нагромождение" объектов.
Так же используются при создании и настройке ролей, при разработке интерфейса (ветка "Общие" - "Интерфейсы"), при сравнении / объединении конфигураций.