8.х Приходная накладная

Ну из-за округления скорее всего. Чтобы конкретней сказать как поправить, чтобы никогда не повторялось - надо разбираться с кодом заполнения ТЧ документа.
Как исправить в одном документе - тоже не скажу, данную конфигурацию никогда не видел (да и почему-то мне так кажется, не много здесь людей, которые с ней в принципе сталкивались).
В службу поддержки продукта письмо отправляли?

В службе поддержки озадачили написать обработку? Оригинальная тогда служба поддержки..

Ну так напишите в конце концов. Форма, на ней 2 поля ввода и кнопка, в первом поле документ "тмц в пути", во втором - "поступление тмц". По нажатии на кнопку сравниваете табличные части, если сумма отличается, правите ее и записываете свой документ.

Нет, конструктор запроса там наверно и не потребуется.
На форме выбираете нужную пару документов. Из документа "тмц в пути" выбираете строки, ищите нужную строку в документе "поступление", смотрите сумму, если отличается правите сумму в ТЧ документа "Поступление". Если были изменения, в конце записываете документ "поступление".
Надо будет предусмотреть то, что в ТЧ одна и та же номенклатура может встречаться несколько раз.
Продвинутый вариант - если существует структура подчиненности, то оставить на форме одно поле ввода ("тмц в пути") и находить соответствующее поступление автоматически.

Это все предположения, конфигурацию не видел, что там как - сказать не могу.