8.х Проблема с модифицированностью документа

После записи и проведения документа метод Документ.Модифицированность() все равно дает "истина"
Проблема появилась несколько дней назад. В заголовке соответственно * не исчезает.

Какие вообще могут быть причины такого поведения Документов(конкретно Поступление товаров и услуг)?

В отладчике посмотрите на каком конкретно месте это появляется. Возможно, у вас после записи что-то устанавливается.